卫生管理系是卫生管理学院四个系部之一，也是成立时间最早的学科系（1984年建系）。经过30余年的开拓与发展，卫生管理系现已具有一支年龄结构、职称结构和学历结构都较为合理的师资队伍，现有教授9人，副教授5人，校聘副教授3人，硕士生导师12人。学科系中具有博士学位的教师17人，具有硕士学位的教师4人。
公共事业管理（卫生事业管理）专业是国内第一个招收卫生事业管理本科的专业（1985年），1990年获该学科的硕士学位授予权，2002申报为校级重点学科，2003年成功申报为高校省级教改示范专业，2008年为省级重点学科，2010年成为国家高等学校特色专业建设点，2019年成为安徽省省级一流本科专业建设点，2021年获批国家级本科一流专业建设点。该专业历史悠久，积淀丰厚，实力居全国领先地位，是其他专业发展的强有力依托。毕业生主要分布在国家及各省市各级医药卫生行政管理机构、公共卫生部门、卫生事业单位及其科研机构和高等院校等，在我国卫生事业管理岗位上发挥着积极的作用。
公共事业管理（卫生事业管理）专业的修业年限为四年，授予管理学学士学位。该专业培养目标为：培养具有公共服务精神和科学管理意识，掌握现代化管理理论和技能，并具有基本医学与公共卫生学的理论知识；同时又掌握一定的人文、社会、自然科学等相关学科的知识，具备一定的批判思维能力、创新能力、自我学习能力，在医药卫生、食品安全、人口、社会保障等行政机关、公共事业单位、非政府组织等部门从事业务管理和综合管理工作的应用型人才。