安徽医科大学医院管理研究所成立于2021年7月，研究所挂靠卫生管理学院，不设职级，设所长1名、常务副所长1名、副所长若干名（含附属医院人员）。

研究所下设学术研究中心、交流培训中心、评估评价中心和决策咨询中心。研究所采用项目制管理、实体化运行，设教学研究岗位8个，纳入卫生管理学院统筹管理。

研究所工作职责：围绕公立医院党的建设、公立医院改革、医院文化建设、人力资源管理、医教研协同、社会化办医、医疗服务体系建设等领域开展学术研究；组织开展医院管理相关领域的学术交流；协助参与附属医院中长期规划制定、年度绩效目标考核体系的评估评价工作；依托合肥综合性国家科学中心大健康研究院，推进医疗数据信息平台建设及医学大数据分析利用。