安徽省医疗保障研究院成立于2021年9月，该研究院挂靠卫生管理学院，不设职级。研究院设院长1名、副院长2-3名，秘书若干人，不设行政级别。
研究院下设1个综合办公室和政策与智慧医保研究室、医保基本理论与待遇保障研究室、医药服务管理研究室、医药价格和招标采购研究室、医保基金监管研究室等5个业务研究室。 研究院实行院长负责制，设教学研究岗位8个，纳入卫生管理学院统筹管理。
研究院工作职责：为安徽省政府和安徽省医疗保障局医保政策决策、医保管理服务以及构建完善安徽省医保制度和政策体系提供专业支撑；为医保政策研究与医保制度建设、行业服务和监管等提供专业支撑。
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